公司犯罪（单位犯罪）案件的处理流程与普通刑事案件基本一致，分为立案侦查、审查起诉和审判三个阶段。期限由《刑事诉讼法》法定：逮捕后侦查羁押一般为二个月，审查起诉一般为一个月，一审一般为二个月、至迟三个月，符合条件的可依法延长。管辖法院以犯罪地管辖为主、被告人（被告单位）居住地管辖为辅，必要时由上级法院指定管辖。刑法与司法解释的时间效力遵循"从旧兼从轻"规则。
一、公司犯罪案件的法律依据与适用顺序
单位犯罪的实体依据是《刑法》第三十条、第三十一条：公司、企业、事业单位、机关、团体实施的危害社会行为，法律规定为单位犯罪的，应当负刑事责任；对单位判处罚金，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。程序依据则是《刑事诉讼法》及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》。
在具体案件中，法律、立法解释、司法解释的适用有先后：司法解释不得与法律冲突，其效力适用于法律的施行期间。对同一问题存在新旧两个司法解释时，并非一律"新法优先"，而是要看行为发生时间与有利于被告人的原则。
二、流程与法定期限：从立案到一审
1. 立案侦查阶段
- 拘留后提请批捕：一般为三日，特殊情况可延长一至四日；流窜、多次、结伙作案的可延长至三十日（《刑事诉讼法》第九十一条）。检察院应在接到提请批准逮捕书后七日内作出决定。
- 侦查羁押期限：逮捕后不得超过二个月；案情复杂经上一级检察院批准可延长一个月（第一百五十六条）。属于交通不便边远地区的重大复杂案件、重大犯罪集团案件、流窜作案重大复杂案件、犯罪涉及面广取证困难的重大复杂案件，经省级检察院批准可再延长二个月（第一百五十八条）；对可能判处十年有期徒刑以上刑罚的，可再延长二个月（第一百五十九条）。
需要提示的是，单位犯罪常涉及账册、资金流向、电子数据，取证周期较长，"犯罪涉及面广、取证困难"是实践中常见的延长理由。
2. 审查起诉阶段
检察院对监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月内作出决定，重大、复杂案件可延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚且符合速裁条件的，应在十日内决定，可能判处有期徒刑超过一年的可延长至十五日（第一百七十二条）。退回补充侦查以二次为限，每次一个月（第一百七十五条）。
3. 审判阶段
一审公诉案件应在受理后二个月内宣判，至迟不得超过三个月；对可能判处死刑、附带民事诉讼，或具有第一百五十八条情形的案件，经上一级法院批准可延长三个月（第二百零八条）。适用简易程序的，一般二十日内审结；可能判处有期徒刑超过三年的可延长至一个半月。速裁程序则为十日、最长十五日。
把上述节点串起来，一个不延长的单位犯罪案件从逮捕到一审判决，通常需要五至八个月；若经历两次退查和多次延长，一年以上并不罕见。把握时间节点，是辩护工作的重要抓手。
三、管辖法院如何确定
《刑事诉讼法》第二十五条规定，刑事案件由犯罪地的人民法院管辖；如果由被告人居住地的人民法院审判更为适宜的，可以由被告人居住地的人民法院管辖。第二十六条规定，几个同级法院都有管辖权时，由最初受理的法院审判，必要时可移送主要犯罪地法院。第二十七条规定，上级法院可以指定下级法院审判管辖不明的案件，也可以指定移送。
对公司犯罪而言，"犯罪地"通常包括犯罪行为发生地与犯罪结果发生地；对以非法占有为目的的财产犯罪，还包括犯罪分子实际取得财产的结果地。单位犯罪中，被告单位的注册地、主要办事机构所在地与实际经营地不一致时，管辖争点容易出现。
此外，利用信息